Nachdem der Riesenaffe Abraham die Zerstörung Chicagos durch den außer Kontrolle geratenen Mecha Ape verhindert hat, fristet er ein ruhiges Dasein auf der abgelegenen Forschungsinsel Watkins Island. Als unweit der Insel das Kreuzfahrtschiff Starlight Dream spurlos verschwindet und ein riesiges außerirdisches Monster aus den Tiefen des Ozeans auftaucht, stellt sich der Riesenaffe dem Kampf, unterliegt jedoch schwer verletzt. Nun liegt die Hoffnung der Menschheit in einer neuen Mecha Ape II-Version, die in Japan entworfen wurde und von einer todesmutigen Pilotin gesteuert wird. Gemeinsam mit dem wieder erstarkten Abraham sollen nun beide den Kampf gegen das außerirdische Monster aufnehmen …